Poynter, mimar Ambrose Poynter’in oğluydu. Paris’te doğdu, ancak ailesi kısa süre sonra İngiltere’ye döndü. Brighton Koleji ve Ipswich Okulu’nda eğitim gördü, ancak sağlığının kötü olması nedeniyle okulu erken bıraktı, kış aylarını nispeten daha ılıman bir iklime sahip olduğu için Madeira ve Roma’da geçirdi. O zamanlar 17 yaşında genç bir ressam olan Edward John Poynter, Frederic Leighton (ressam ve heykeltraş) ile tanıştı ve bu buluşma Edward’ın akedemik sanat olarak da bilinen klasik üslubunu oluşturmasına katkı sağlayacak hayatının buluşması olmuştu. Poynter ayrıca sulu boya ve freskte de çalıştı ve vitray, mozaik ve seramikler için tasarımlar yaptı. Poynter, Londra’daki University College’da ilk Sanat Profesörü olmasının yanı sıra, 1894’te Ulusal Galeri’nin Direktörü görevini de devralmıştır.

Ressamın okült konuları işlediği resimlerinden ve Rudyard Kipling (İngiliz şair) ile olan yakınlığı sebebiyle bir Mason olabileceği sanat dünyasında konuşulan konulardan birisidir. Çünkü sanatçının  ”Sheba Kraliçesi’nin Kral Süleyman’ı Ziyareti” tablosunun baskıları, dünyanın dört bir yanındaki Mason Loncalarında yer almaktadır.